특별법 개정에 따라 재단법인의 권리와 의무를 영리법인에 포괄승계하는 경우 조직변경 해당 여부 등

비영리법인이 특별법의 개정으로 해산하면서 재산 등을 다른 영리법인에 포괄승계한 경우 조직변경에 해당하며 비영리법인의 재산가액 및 이월결손금 등은 영리법인에 그대로 승계됨

[회신] 1. ｢조직변경 여부｣에 관하여는 기획재정부 회신(기획재정부 법인세제과-350, 2023.06.22.)을 참조하시기 바람 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」의 개정에 따라 2012여수세계박람회재단의 모든 권리와 의무를 동 개정법률에 따른 여수광양항만공사가 포괄승계하는 경우 법인세법 제78조에 따른 조직변경에 해당하는 것임 2. 더불어, ｢여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법｣의 개정으로 인하여 2012여수세계박람회재단(이하 “재단”)이 여수광양항만공사(이하 “공사”)로 조직변경하는 경우 재단의 자산･부채가액과 이월결손금 등은 공사에 그대로 승계되는 것임 1. 사실관계 ○ 질의법인은 ’**년에 ｢****법｣에 따라 설립된 해양수산부 산하 공공기관이며 영리법인 * 임 ○ *********** 재단 (이하 ‘재단법인’) 은 ｢*** 특별법 (이하 ‘특별법’) ｣에 의해 ’**년에 설립된 비영리법인임 ○ ’**.**월 특별법의 개정에 따라 질의법인은 재단법인의 모든 권리와 의무를 ’**.*월 포괄승계 할 예정임 (특별법 부칙§3①) - 포괄승계하는 재산의 가액은 동법 시행 이전 6개월 이내의 감정 평가액 으로 하며, 질의법인은 재단법인의 직원을 우선 임용할 수 있음 (특별법 부칙§3②, §4) 2. 질의요지 ○ (질의 1) 특별법 개정에 따라 ***********재단의 재산 및 모든 권리 ･ 의무가 *******공사에 포괄승계되는 경우 ｢법인세법｣ 제78조 에 따른 조직변경에 해당하는지 여부 ○ (질의 2) (조직변경에 해당하는 경우) *******공사가 승계받은 자산 ･ 부채의 세무상 취득가액 산정방법 및 이월결손금 승계 여부 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제100조의16 【동업기업 및 동업자의 납세의무】 ① 동업기업에 대해서는 「소득세법」 제2조제1항 및 「법인세법」 제3조제1항에도 불구하고 「소득세법」 제3조 및 「법인세법」 제4조 제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다. ② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다. ③ 내국법인이 동업기업과세특례를 적용받는 경우 해당 내국법인(이하 "동업기업 전환법인"이라 한다)은 「법인세법」 제79조제1항 의 "해산에 의한 청산소득"의 금액에 준하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 과세표준에 「법인세법」 제55조제1항 에 따른 세율을 적용 하여 계산한 금액을 법인세(이하 "준청산소득에 대한 법인세"라 한다)로 납부할 의무가 있다. ○ 조세특례제한법 제100조의17 【동업기업과세특례의 적용 및 포기신청】 ① 동업기업과세특례를 적용받으려는 기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신청을 하여야 한다. ② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 있다. 다만, 동업기업과세특례를 최초로 적용받은 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 없다. ○ 조세특례제한법 시행령 제100조의16 【동업기업과세특례의 적용 및 포기신청】 ② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업이 동업기업과세특례의 적용을 포기하려면 동업기업과세특례를 적용받지 아니하려는 최초의 과세연도의 개시일 이전에 동업자 전원의 동의서와 함께 기획재정부령 으로 정하는 동업기업과세특례 포기신청서를 납세지 관할 세무서장 에게 제출하여야 한다. ○ 조세특례제한법 제100조의18 【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】 ① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적 동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 아니한 결손금을 그 배분대상 소득 금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다. ② 제1항에 따라 각 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 한다. 이 경우 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 배분한다. ③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금 으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호 에 따른 기관전용 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금ㆍ기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니 하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 「소득세법」 제17조제1항 , 제119조제2호 및 「법인세법」 제93조제2호 에 따른 소득으로 본다. ④ 동업기업과 관련된 다음 각 호의 금액은 각 과세연도의 종료일에 동업자 간의 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분한다. 다만, 제4호의 금액은 내국법인 및 외국법인인 동업자에게만 배분한다. 1. 「법인세법」 및 이 법에 따른 세액공제 및 세액감면금액 2. 동업기업에서 발생한 소득에 대하여 「법인세법」 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 세액 3. 「법인세법」 제75조 및 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정에 따른 가산세 및 이 법 제100조의25에 따른 가산세 4. 「법인세법」 제55조의2 에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세 ⑤ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세를 신고ㆍ납부할 때 제4항에 따라 배분받은 금액 중 같은 항 제1호 및 제2호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세 에서 공제하고, 같은 항 제3호 및 제4호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에 가산한다. ⑥ 손익배분비율의 결정, 동업기업 소득금액 및 결손금 등의 계산 및 배분, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제100조의18【동업기업 소득금액 및 결손금의 계산 및 배분】 ④ 법 제100조의18제2항 후단을 적용할 때 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금(이하 이 절에서 "배분한도 초과결손금"이라 한다)은 이월된 각 과세연도에 배분하는 동업기업의 각 과세연도의 결손금이 지분가액에 미달할 때에만 그 미달하는 금액의 범위에서 추가로 배분한다. 이 경우 배분한도 초과결손금에 해당하는 금액은 「소득 세법」 제45조 및 「법인세법」 제13조제1항제1호 에 따라 이월결손금의 공제를 적용할 때 해당 배분한도 초과결손금이 발생한 동업기업의 과세연도의 종료일에 발생한 것으로 본다 (중략) ⑦ 법 제100조의18제3항을 적용할 때 동업자가 배분받은 결손금은 동업자 군별로 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 거주자군: 「소득세법」 제19조 및 제94조에 따른 각 소득에 대한 필요경비 2. 비거주자군: 「소득세법」 제119조제3호 부터 제6호까지, 제9호부터 제11호까지에 따른 각 소득에 대한 필요경비(같은 법 제121조제2항 및 제5항에 따른 비거주자에 한정한다) 3. 내국법인군: 「법인세법」 제19조 에 따른 손금 4. 외국법인군: 「법인세법」 제92조제1항 에 따른 손금(같은 법 제97조 제1항에 따른 외국법인에 한정한다) ○ 법인세법 제13조 【과세표준】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 「조세특례제한법」 제6조제1항 에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것